Der chemische Stoff in Chilischoten, der sie scharf macht, heißt Capsaicin. Capsaicin kommt insbesondere in den Früchten von Pflanzen der Capsicum-Familie vor, darunter Jalapeño-Chili, Cayenne-Chili und andere Chilischoten.

Das Capsaicin in Chilischoten wird auf der Scoville-Skala gemessen und in Scoville Heat Units (SHU) ausgedrückt. Die SHU ist eine Methode zur Beschreibung, wie viele Tropfen Zuckerwasser erforderlich sind, um die Schärfe einer bestimmten Paprika zu verdünnen. Die Einheiten werden im Tausenderbereich für mildere Chili gemessen und reichen bis in den Hunderttausender- und sogar Millionenbereich für die schärfsten Chilischoten. Die Zuckerwassermethode ist subjektiv und nicht sehr zuverlässig und wurde daher inzwischen durch die Hochleistungsflüssigkeitschromatographie ersetzt. Dabei handelt es sich um eine Methode, die den chemischen Fingerabdruck des Capsaicins in einer Chilischote erkennt und den genauen Capsaicin-Gehalt der Chili messen kann.

Paprikaschoten sind übrigens das einzige Mitglied der Capsicum-Familie, das kein Capsaicin enthält und daher keine Scoville-Einheiten aufweist.

Capsaicin ist nicht nur die Quelle der Schärfe in Chilischoten, sondern verursacht auch ein brennendes Gefühl auf der Haut oder anderen Geweben, mit denen es in Berührung kommt. Wenn also ein Koch mit geschnittenen Chilischoten arbeitet, kann das Capsaicin in seinen Händen brennen, wenn er sie reibt.

Die weißen Membranen im Inneren einer Chili enthalten das meiste Capsaicin, das eigentliche Fruchtfleisch der Chili enthält weniger. Die Samen der Chili enthalten überhaupt kein Capsaicin. Beim Kochen mit scharfen Chilischoten kann es hilfreich sein, Gummihandschuhe zu tragen, um die Hände zu schützen und zu verhindern, dass man andere empfindliche Körperteile berührt. Achte außerdem darauf, alle Messer, Schneidebretter oder andere Kochutensilien, die mit der scharfen Chili in Berührung gekommen sind, gründlich zu waschen, da diese ebenfalls Capsaicin auf andere Lebensmittel oder Werkzeuge übertragen können.

Capsaicin ist eine ölähnliche Verbindung, in dem Sinne, dass es Wasser abstößt. Daher ist das Trinken von Wasser zur Linderung des durch den Verzehr von Chilis verursachten Brennens nicht besonders wirksam, abgesehen von der kühlenden Wirkung, wenn das Wasser kalt ist. Capsaicin ist jedoch in Milch und Alkohol löslich. Ein Schluck kalte Milch oder, in geringerem Maße, ein kaltes alkoholisches Getränk kann also das Brennen durch Capsaicin lindern. Neben Milch helfen auch andere Milchprodukte wie Joghurt oder saure Sahne, das Brennen einer scharfen Chili zu kühlen.